W 1916 roku doszło do utworzenia Szkoły w Wierzchowiskach. Starało się o to kilku bardziej światłych mieszkańców wsi pod przewodnictwem miejscowego dziedzica Gustawa Świdy. Utworzono dwie szkoły jednoklasowe: jedną w Wierzchowiskach I a drugą w Wierzchowiskach II. Nauka odbywała się w wynajętych izbach chłopskich.
W czasie II wojny światowej szkoła również funkcjonowała pracując w oparciu o wytyczne i narzucone przez okupanta programy. Nauczyciele prowadzili tajne nauczanie. Po wojnie, w 1944 roku naukę przeniesiono z izb chłopskich do pomieszczeń pałacu dworskiego. Najpierw była to szkoła siedmioklasowa a potem ośmioklasowa.
W 1967 roku oddano do użytku nowy budynek szkoły w którym szkoła pracuje obecnie. W 1998 roku szkoła otrzymała sztandar i imię Jana Kochanowskiego.
W wyniku reformy szkolnictwa w 1999 roku ośmioklasową szkołę podstawową zastąpiono sześcioklasową szkołą podstawową i gimnazjum. W 2004 roku ze szkoły podstawowej i gimnazjum utworzono Zespół Szkół im. Jana Kochanowskiego w skład którego wchodzi Publiczna Szkoła Podstawowa im. Jana Kochanowskiego i Publiczne Gimnazjum. Od 1 września 2008 roku do Zespołu Szkół dołączyło Publiczne Przedszkole w Wierzchowiskach.